การตรวจการปนเปื้อนเชื้อจุลินทรีย์ ประกอบด้วย
1. จำนวนเชื้อจุลินทรีย์ที่เจริญเติบโตในอากาศทั้งหมด ต้องไม่เกิน 200 โคโลนี/กรัม
2. จำนวนรวมของยีสต์และรา ต้องไม่เกิน 20 โคโลนี/กรัม
3. จุลินทรีย์เฉพาะ ต้องไม่พบเชื้อจุลินทรีย์สแตปฟิโลค็อคคัส ออเรียส เชื้อซูโดโมแนสแอรูจิโนซา และเชื้อคลอสตริเดียม
โดยวิธีการตรวจหาจำนวนเชื้อจุลินทรีย์ที่เจริญเติบโตในอากาศทั้งหมด และจำนวนรวมของยีสต์และรา ใช้วิธี Plate count ซึ่งเป็นการเพาะเลี้ยงเชื้อที่ปนเปื้อนในตัวอย่างบนจานเพาะเลี้ยงเชื้อ แล้วนับจำนวนเชื้อจุลินทรีย์ที่เจริญบนจานอาหารเลี้ยงเชื้อ
ส่วนการตรวจหาเชื้อจุลินทรีย์เฉพาะ ใช้วิธีการเพิ่มจำนวนเชื้อในอาหารเลี้ยงเชื้อเหลว และแยกด้วยอาหารเลี้ยงเชื้อเฉพาะสำหรับเชื้อแต่ละชนิด ทำการย้อมสีและดูลักษณะภาพใต้กล้องจุลทรรศน์
ในปีงบประมาณพ.ศ. 2568 มีผลิตภัณฑ์ยาดมส่งตรวจที่สำนักยาและวัตถุเสพติด กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ จำนวน 54 ตัวอย่าง พบผิดมาตรฐาน 39 ตัวอย่าง ซึ่งส่วนใหญ่จะผิดมาตรฐานในเรื่อง จำนวนรวมของจุลินทรีย์ที่เจริญเติบโตโดยใช้อากาศ จำนวนรวมของยีสต์และรา และเชื้อคลอสตริเดียม (Clostridium spp.) จากการตรวจยืนยัน พบเป็นเชื้อคลอสตริเดียมเพอร์ฟริงเจนส์ ซึ่งกรมได้แจ้งหน่วยงานที่เกี่ยวข้องดำเนินการต่อไปแล้ว
เชื้อคลอสตริเดียม เพอร์ฟริงเจนส์ สามารถพบได้ทั่วไปในดิน เป็นเชื้อที่เจริญเติบโตได้ในสภาวะไร้ออกซิเจน ทั้งนี้ผู้มีร่างกายอ่อนแอ ภูมิคุ้มกันต่ำ หรือผู้สูงอายุ หากสูดดมอาจได้รับอันตรายจากสปอร์ของเชื้อราและเชื้อคลอสตริเดียม เพอร์ฟริงเจนส์ ซึ่งอาจมีผลกระทบต่อระบบทางเดินหายใจ เช่น หายใจลำบาก มีเสียงหวีดและอาการไอ ปวดปากและลำคอ นอกจากนี้อาจมีเลือดปนในน้ำลายและเสมหะได้ ดังนั้นผู้ผลิตควรมีการกำจัดหรือลดปริมาณเชื้อจุลินทรีย์ก่อนนำมาผลิตเป็นผลิตภัณฑ์สมุนไพร เช่น การล้าง อบ การฉายรังสี นอกจากนั้นกระบวนการผลิตก็ต้องมีขั้นตอนการผลิตที่ดีเพื่อไม่ให้มีการปนเปื้อนของเชื้อในกระบวนการผลิต เพื่อให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่มีคุณภาพและปลอดภัยกับผู้บริโภค
